天猫店铺经营主体变更规则中，旗舰店和专卖店的区别如下：

经营主体不同：旗舰店的经营主体是自有品牌企业；专卖店的经营主体是取得该品牌所有者或公司正式授权的企业法人。

经营范围不同：专卖店的经营范围是授权品牌下同一级类目内的所有产品；旗舰店则是同一个品牌以及同一个一级类目下的所有产品。

品牌资质不同：开设天猫旗舰店必须是品牌商标所有者，即拥有注册商标；而开专卖店的话则需要企业提供品牌所有者出具的正规授权书，而如果是个人为主体的话则需要同时提供身份证复印件并且在授权书上签字。